Enzyme sind Eiweißstoffe, die bei Einsatz von Bentonit inaktiviert werden. Aus diesem Grund erfolgt die Enzymzugabe vor der Bentonitdosage, da eine Klärung erst durch den vorgeschalteten Pektinabbau möglich wird. Je nach Einsatzzweck sind die angegebenen Warte- bzw. Einwirkzeiten einzuhalten.